Flutningur L.R. í Borgarleikhúsið var langþráður draumur sem rættist því miður ekki með sama hætti og margir höfðu vonast til. Félagið hafði starfað við harla erfiðar aðstæður í Iðnó, aðstæður sem fullnægðu vitaskuld á engan hátt kröfum nútíma leikhúsrekstrar. En leikhúsið við Tjörnina var leikhús með fortíð og sál, eins og það er stundum orðað; því voru tengdar sterkar minningar um góðar stundir á liðnum tímum og slíkt bætti fyrir marga ytri annmarka.
Þó að L.R. nyti styrkja frá ríki og borg miðuðust þeir ekki við rekstur í jafn stóru og tæknilega vel búnu leikhúsi og Borgarleikhúsinu. Mörgum fannst leikendahópurinn ekki heldur undir það búinn að takast á við sal á borð við stóra salinn og almennt má segja að sýningar í minni salnum hafi tekist miklum mun betur. Hann bjó og býr enn yfir nánd af því tagi sem menn voru vanir við frá Iðnó-tímanum.
Borgarleikhúsið varð L.R. því þungt í skauti. Reksturinn gekk illa og skuldir hlóðust upp. Mörgum fannst það vald, sem starfsmenn L.R. höfðu yfir stjórn leikhússins, vera orðið langt á eftir tímanum, og kristallaðist sú deila í þeim hörðu átökum sem urðu um tiltektir nýs leikhússtjóra árið 1996. Hugðist Viðar Eggertsson, sem hafði þá verið ráðinn til leikhússins eftir ágæta frammistöðu hjá Leikfélagi Akureyrar, segja upp nokkrum eldri leikurum, en var stöðvaður af fulltrúum starfsmanna og vikið úr starfi í framhaldi af því. Varpaði þetta mál dimmum skugga á aldarafmæli félagsins sem haldið var upp á með hátíðarbrag næsta vetur. Þó að meirihluti starfsmanna hefði sitt fram í því máli, vakti framganga hans almennt litla samúð, svo að sigur þeirra mátti kallast Pyrrhosar-sigur.
Framan af annaðist L.R. allan rekstur hússins, enda var hlutur félagsins í því metinn á 8%. Árið 2000 náðist hins vegar samkomulag um að Reykjavíkurborg leysti til sín þennan eignarhluta og tæki um leið að sér að greiða skuldir félagsins sem voru orðnar miklar. Jafnframt gerði það samning við félagið um rekstur hússins til næstu tólf ára. Sá samningur var endurnýjaður vorið 2004 og felur m.a. í sér að L.R. leigi leikhópum tímabundna aðstöðu í húsinu til hliðar við eigin starfsemi. Ekkert lát varð á innanfélagsdeilum um stjórnarhætti í kjölfar Viðars-málsins, uns ákveðið var á aðalfundi árið 2004 að opna félagið fyrir öllum sem áhuga hefðu á að ganga í það. Fram að því höfðu þeir einir átt rétt til inngöngu sem starfað höfðu í þarfir leikhússins.
Hallmar Sigurðsson var fyrsti leikhússtjóri L.R. í Borgarleikhúsinu, en á eftir honum komu Sigurður Hróarsson (1991-1996), Viðar Eggertsson (1996), Þórhildur Þorleifsdóttir (1996-2000) og Guðjón Petersen (2000 - ). Raunar má deila um hvort nafn Viðars eigi heima á þessum lista, þar sem honum var vikið úr starfi svo skömmu eftir að hann hóf störf.
Mynd: Leikfélag Reykjavíkur flytur úr Iðnó í Borgarleikhús